E-moteオフィシャルです。
ご質問の確認とご返答が遅れてしまい大変申し訳御座いませんでした。
E-moteで着せ替えを実現する為に一番シンプルな方法は、
【PSDを2つまとめてインポートする】を使用して複数のE-moteデータを用意する方法です。
https://emote.mtwo.co.jp/manual/motion/#id4-13-2
別々のpsdをインポートして出力するだけですので、比較的簡単に差分データが用意できます。
ただ、組み合わせの分だけE-moteデータを用意しないといけませんので、
複雑な組み合わせには向いていません。
もう1つの方法は、分割エクスポートを使用する方法です。
【分割エクスポート】
https://emote.mtwo.co.jp/manual/motion/#id6
頭部差分・胴体差分・頭・胴体はそれぞれ別々のファイルとして出力して、アプリ上で組み合わせて使用する事が出来ます。髪を頭部差分で作成しておけば、髪型を変える事も可能です。
ただ、少々データの作成にコツが必要です。
尚、目の色を変える方法ですが、目は分割エクスポートできません。
これに関してはfadeパーツで瞳の色違いを左右別々に作成頂き、「瞳接着」の追加パーツとして追加して頂くのが一番良いかと思います。
（企業向けコンテンツでもそのように対応しております）
今後とも、E-moteをどうぞよろしくお願い申し上げます！