E-moteオフィシャルです！ご質問頂き有難う御座います！
サンプルのpsdをインポートして目が飛び出てしまうという事は、恐らく追加パーツの属性が間違っているのではないかと思われます。
（こちらでpsdをインポートして再確認しましたが正常に動作しました）
最初のpsdインポート時に、一覧の下の方に青字で「新規追加パーツ」と表示されている部分をそれぞれ選択し、
「追加_目L接着○○○○」という名前の追加パーツは、「表情-目L接着-揺れ無し」の設定で、
「追加_目R接着○○○○」という名前の追加パーツは、「表情-目R接着-揺れ無し」の設定で追加して下さい。
http://emote.mtwo.co.jp/manual/motion/#id2-8
もし別のpsdで作成して、
瞬きの際に微妙に飛び出てしまう場合は、目開閉時の微調整が必要なのだと思われます。
エディタの
[パーツ編集]-[目L(目R)]-[メッシュ(目・表情)]を選択し、
メッシュ(目・表情)エディットのボタンをそれぞれ押してはみ出しやズレが出来ていないか確認してみて下さい。
今後とも有限会社エムツー並びにE-moteをどうぞよろしくお願い申し上げます！