E-moteオフィシャルです！ ご質問を頂きありがとう御座います！
目が表示されない件ですが、ズバリ白目が描かれてい無いのが原因です。
E-moteは白目の描かれている範囲に瞳を切り抜くようになっています。
その為、白目が無い場合は瞳の全てが切り抜かれてしまうのです。
ベーシックテンプレートを使用されているのであれば、それを解決する「目追加マスク」という
機能があります。
https://emote.mtwo.co.jp/manual/character/#id5-7-2
ですが、シンプルテンプレートを使用されている場合はその機能はありません。
解決するには、瞳の動く範囲を塗り潰した「白目通常」のレイヤーを作成して、
輪郭より下に配置してみて下さい。
これで、白目は輪郭に隠れて表示されず、瞳は白目の描かれた範囲に表示されるようになります。
（白目通常は瞳より大きめに描いておくのがコツです）
今後とも有限会社エムツーとE-moteをよろしくお願い致します！