E-moteオフィシャルです！
ご質問頂きありがとう御座います。
追加パーツの非表示化ですが、基本パーツと同様に「無効化」で見えなくすることが可能です。
https://emote.mtwo.co.jp/manual/motion/#id4-1
各パーツ毎、または複数の追加パーツまとめて「パーツ無効化」を選択して下さい。
また、パーツ無効化のＯＮＯＦＦ状態は属性カンプパネルで一括管理する事も可能です。
こちらも使用頂けるとより管理がスムーズになるかと思いますので、是非ご確認下さい！
https://emote.mtwo.co.jp/manual/motion/#id4-13-1