E-moteオフィシャルです。ご質問を頂きありがとう御座います！
２体以上のキャラクター作成は、目的にも因りますが可能です。
２体目のキャラクターを胴体差分・汎用差分・追加パーツなどの特殊パーツを使って作成して下さい。
胴体向き上下や頭向き左右などを使って、本体に同期する動きの他、
特殊変形２や特殊変形３のメッシュ変形を利用して２体目に本体とは違う動きをさせる事も可能です。
（尚、上記の方法の場合、２体目のキャラクターは目パチクチパクが出来ません
fadeパーツを使用して疑似的に表情変化は可能です）
2体目のキャラクターを表情変化させたい場合は、
頭だけのデータを作成してＡＶＧアプリや、動画合成ツールで合成する必要があります
（E-moteエディタ上では合成データを確認できません）
上記方法でイベントシーンなども作成した実例も御座いますので、
お試しいただければ幸いです！