大変貴重なご質問をありがとうございます！
E-moteオフィシャルです！
この度の不具合につきましては、以下の２つの可能性が考えられます。
１．正しいテンプレートが使用されていない。
入門用マニュアルに従って作成されたpsdは、[E-mote入門用テンプレート.mmo]にインポートしないと正しくインポートされません。テンプレートが正しいか、確認してみて下さい。
２．psdのレイヤー名が間違っている。
もしかしたら、psd側でクチのレイヤーにつけた名前が「クチ通常」となっていませんか？
または、瞳や、マブタのレイヤーを左右で分けて「マブタ通常L」「マブタ通常R」などとなっていませんか？
入門用テンプレートでは、「クチ」「クチ開き」となっております。
「キャラクター原画作成の手順」に従って作成したpsdを入門用テンプレートにインポートしようとすると、正しく表示されません。お手数をお掛けしますが、レイヤーの名前をもう一度確認してみて下さい。
もし、上記２つの確認でもわからない場合は、作成されたpsdと不具合の出たmmoをＵＰし、弊社サポートまでお問い合わせ下さい。検証して、ご報告させて頂きます。
重ね重ね、この度は大変貴重なご質問を有難う御座いました。
今後とも有限会社エムツー並びにえもふり・E_moteをどうぞ宜しくお願い申し上げます。