こんにちは。
私も同じ状態になりましたが、解決したので報告します。

自作のPSDとサンプルPSDを比較してみたところ、「枠」の透明度に違いがありました。
私のは枠をすべて不透明度50％で作成していたのですが、サンプルは頭部全体枠、胴体全体枠、トリミング枠が不透明度100％でした。これらの枠を透明にするとキャラクターも同じく透明になるみたいです。
入門マニュアルに「色や透明度は自由」と書いてあったので全部透明にしていたのがいけなかったようです。

とりあえず枠をすべて不透明度100％にしてインポートしたら画像が透けずに表示されました。実際はキャラクターをすべて囲っているトリミング枠だけを不透明にすればよさそうです。CLIP STUDIO PAINT PROでも問題なく作成できました。