E-moteオフィシャルです！
このたびは大変良いご質問をありがとうございます！
基本用正面PSDをインポートする事で、腕が３パターン表示されたのは、正常な動作となております。
基本テンプレートは、入門用テンプレートと違い腕のポーズ差分が２つ使用できる構造になっており、
[fade_a][fade_b][fade_c]のパラメータをタイムライン上で切り替えることが出来ます。
（物理挙動編集モードでもお試し下さい）
腕の使用・削除は基本テンプレートのpsdで[腕LB]や腕[RC]などと名前の付けられたレイヤーを削除し、インポートしていただく事で自動的に削除設定となります。
今回は、psd側に[腕LB][腕LC][腕RB][腕RC]のレイヤーあるPSDをインポートした為、自動的に腕が使用状態になったものと思われます。
また、下図のようにエディタ側から、[不要な腕を選択]-[パーツ削除]の手順で削除していただく事もできますので、ご確認頂ければ幸いです。
重ね重ね、大変良いご質問をありがとうございました！
今後とも有限会社エムツー並びにえもふり・E_moteをどうぞ宜しくお願い申し上げます。