E-moteオフィシャルです！
ご質問をいただきましてありがとうございます。

弊社でも確認をしましたが、3.9エディタでエクスポートしましたデータを3.9の吉里吉里サンプルにいれましたところ正常にキャラクター表示がされました。

こちらに書いていただいた情報だけでは原因が特定できませんので、
お手数をお掛けしまして恐縮なのですが、

1.emtprojデータ
2.問題が起きているpsbデータ
3.できれば、もう少し詳細なお話

上記を何らかのストレージサービスにてアップしていただき、
そちらのURLを
E-mote総合お問い合わせ
までお送りいただけますでしょうか？
弊社で確認をさせていただきます。

引き続き、E-moteならびにえもふりをよろしくお願いいたします。