E-moteオフィシャルです!
ご質問をいただきましてありがとうございます。
ご利用のWebサーバーでは mod_deflate が導入されているようです。
これは、転送時に動的にファイルを圧縮して転送するモジュールです。
emtbytesファイルを事前圧縮「しない」状態でアップロードして、
以下のような設定を .htaccess に記述することでうまくいかないでしょうか?
AddType application/x-emtbytes .emtbytes
AddOutputFilterByType DEFLATE application/x-emtbytes
お手数をおかけし恐縮ですが、こちらを試してみてください。
よろしくお願いいたします!