このたびは大変良いご質問をありがとうございます!
E-moteオフィシャルです!
おそらく、psd側でキャラクターよりも手前に背景が重ねられてインポートされているのではないかと思います。
この現象が起こる原因は、2つのパターンがあります。
パターン1.psdで[背景]と名前を付けられたレイヤーが一番上に重ねられている。
パターン2.インポート時に「リセット」をしていない為、背景の座標が初期化されていない。
まずは、ご確認頂ければ幸いです!
今後とも有限会社エムツー並びにえもふり・E_moteをどうぞ宜しくお願い申し上げます。