E-moteオフィシャルです。
ご質問頂き有難う御座います!
SDKで表示する限定されますが、E-moteには分割エクスポートという機能があります。
http://emote.mtwo.co.jp/manual/manual-motion.php#id6
これは、データの出力時に頭部・胴体・アクセサリーなどを別々に出力し、SDK上で合成する機能です。
この機能によって、頭部を共通にして必要な部分だけを差し替える事ができますので
SDK表示をされている場合はご活用いただければ幸いです。
別衣装データの作成自体については、ご質問頂いた通り「psdを2つまとめてインポートする」が利用できます。
http://emote.mtwo.co.jp/manual/manual-motion.php#id4-13-2
元psdの不要な部分を削除し、新衣装部分のみのpsdと併せてインポートして頂く事で、比較的楽に別衣装(別テクスチャ)のデータが作成できるかと思います。
ただ、元衣装に対して大きくパーツ形状や構造が変わってしまうものは追加パーツなど色々と手を加える必要が出る場合も御座いますので、ご注意下さい。
尚、動画でのご利用の場合に限りますが、
アクセサリーなど細かいパーツの入れ替えは属性カンプパネルの利用が効率的です。
各パーツの表示非表示の登録が出来ますので、
効率的に衣装やアクセサリーのONOFFを切り替えられます。
http://emote.mtwo.co.jp/manual/manual-motion.php#id4-13-1
以上、ご確認頂ければ幸いです。
今後とも有限会社エムツー並びにE-moteをどうぞよろしくお願い申し上げます。