このたびは貴重なご質問を有難う御座います!
E-moteオフィシャルです!
おそらく、強制終了したために内部の位置情報がおかしくなってしまったのだと思います。
この場合、基本的にまっさらな状態の状態のテンプレートにpsdをインポートしなおして作り直ししていただくのが安全かと思います。
ただ、目や眉の位置がおかしくなってしまったキャラクターファイルにも、メッシュ変形情報はそのまま残っていますので、以下の手順でメッシュ情報のエクスポートと新規テンプレへのインポートをお試し下さい。
もしかしたら、各パーツ位置が正常なキャラクターに作ったメッシュ情報を移植できるかもしれません。
新バージョンのテンプレートに旧バージョンのキャラを移し替えるには
尚、新規テンプレートにpsdをインポートした際にも、目や眉の位置がおかしく表示されるのであれば、psd側に何か変化があった可能性があります。原点や画像のサイズが変更になっていたりする場合がありますので、どうかご確認ください。
今後とも有限会社エムツー並びにえもふり・E_moteをどうぞ宜しくお願い申し上げます!