E-moteオフィシャルです!
ご質問を頂き有難う御座います!
「自動Z座標調整」をオフにしてpsdインポートを行った場合、psdインポート時に各パーツのz座標(重ね順)をpsd側のレイヤー重ね順に合わせて調整(更新)をしなくなります。
初めてインポートする追加パーツがあった場合は、機能上 z座標を調整しないという事ですので、
z座標が「0」に設定されるのは正常な動作となります。
新しい追加パーツをpsd側のレイヤー重ね順に合わせてインポートしたい場合は、
「自動z座標調整」をオンにして下さい。
また、この「自動z座標調整」をオフにすると、E-moteエディタ側で調整したz座標設定も更新されません。
現在のリリース版で、追加パーツにも正常にこの機能が動作している事を確認致しましたので、
どうかご確認よろしくお願い申し上げます。