E-moteオフィシャルです。
ご質問を頂き有難う御座います!
タイムライン再生中については、タイムラインを表示しながら再生する事は出来ません。
E-moteのタイムラインは複数のパラメータをリアルタイム合成する仕様の為、
Flashやアフターエフェクトなどのタイムラインと異なり、その場での値を取る事が出来ません。
その為、質問2の中間点を取るという事も出来ませんので、ご理解お願い致します。
ショートカット設定が初期化される件ですが、E-moteをインストールした領域が上書き禁止領域になっている可能性があります。
もしかしたらセーブデータの上書きが禁止されてしまっているのかもしれません。
progtram files(x86)/m2tools
CheeseWare/E-mote〇〇〇以下に保存されている[motioneditor.cf]が上書き禁止になっていないか、確認してみて下さい。
今後とも有限会社エムツー並びにE-moteをどうぞよろしくお願い申し上げます!